La raison d'être du NERACOOS est de coordonner les efforts internationaux pour l'observatoire de l'océan côtier du golfe du Maine, de la baie de Fundy et des zones adjacentes du plateau continental. Plus précisément, la mission de NERACOOS est:

1. De diriger le développement, la mise en œuvre, la mise en opération et l'évaluation d'un système continu d'observation de l'océan côtier régional pour le nord-est des États-Unis et les provinces maritimes du Canada, dans le cadre du système intégré d'observation des océans des États-Unis (IOOS);
2. De promouvoir le développement, l'évaluation et la diffusion des données et des produits qui répondent aux besoins des utilisateurs; et
3. De faire la promotion d'observatoire des océans au niveau régional, national et mondial et l'utilisation des analyses scientifiques basées sur des données environnementales pour répondre aux besoins de la société. Le NERACOOS est un organisme à but non lucratif depuis novembre 2008. Depuis lors, l'organisation a grandi et a attiré un nombre important de partenaires du milieu universitaire, de l'industrie, des gouvernements fédéral et provinciaux, des administrations locales et des ONG. Les recherches du MPO parrainées par le NERACOOS sont effectuées à l'Institut océanographique de Bedford (IOB) et à la station biologique de St. Andrews (SBSA). Elles se regroupent sous trois activités distinctes:
   • Le développement, l'évaluation et l'opération d'un modèle de prévision de vagues imbriqué à différentes échelles pour l'atlantique nord, avec un accent pour le golfe du Maine et le plateau néo-écossais et de la Nouvelle-Angleterre. Le but ultime est d'émettre ces prévisions conjointement avec les prévisions de courants pour la même région pour le bénéfice des membres du NERACOOS et du grand public.
   • Le développement et l'évaluation d'un système d'avertissement de la floraison d'algues toxiques dans les eaux de surface à l'embouchure de la baie de Fundy, basé sur les observations par satellite de la région. Ce produit est étalonné et validé à l'aide d'un monitorage hebdomadaire des eaux de surface d'avril à octobre à sept stations par des scientifiques du SBSA.
   • Le monitorage régulier des propriétés de l'eau de mer, température et salinité, et des éléments nutritifs à dix stations qui traversent l'embouchure du chenal du nord-est dans le cadre des missions semestrielles du PMZA, (Programme de Monitorage Zonal de l'Atlantique).